O Diretório Colegiado dirige administrativamente o Comitê e é composto por 6 de seus membros, eleitos pelo Plenário, sendo 2 representantes dos Usuários de Água, 2 representantes da Sociedade Civil e 2 representantes do Poder Público..

O Diretório Colegiado reúne-se ordinariamente quatro vezes ao ano, e extraordinariamente mediante convocação formal do Diretor Presidente ou requerimento de pelo menos um terço dos membros do Diretório.